- 佐渡の化石
- 湧水山水風の池の中には、江戸時代からの大木の化石があります。加藤清正公時代から残っているもので、 木の根がそのまま化石になった珍しい石です。庭園内には4個の化石があります。
- 樹木
- 庭内に植えられた樹木は、3メートル以上のものが482本、1メートルに満たない小さな木及び植物まで含めると48,067本もあります。 松、紅葉、椎、楠などさまざまな種類の木があり、中でも清泉亭前に位置する「イヌマキ」と「カヤ」の2本は、ともに天明年間（1780年代）からこの地に生育していたものと考えられ、江戸時代から伝わる貴重な樹木として、千代田区の天然記念物に指定されています。